2008年9月18日 星期四

Taverna工作台(2)

Taverna工作台是myGrid项目推出的一个可以设计和执行工作流的开源软件,它可以整合包括 NCBI,EBI,DDBJ,SoapLab,BioMOBY和EMBOSS等提供的网络服务和资源,目前已有上百种由世界各地的科学家设计的工作流可供 下载(http://www.myexperiment.org/workflows/all)。将我们需要重复操作的、具有顺序性的一系列工作设计为工 作流,可以节省我们大量的时间以及工作量。典型的一个生物信息学的分析工作就是从NCBI蛋白质RefSeq数据库中获得某一蛋白质的FASTA格式的序 列,再对其做BLAST获取其同源序列,然后对这一序列以及它的同源序列做多序列比对,最后再做系统发育分析;对这一工作已经有工作流 (http://www.myexperiment.org/workflows/124)可供使用,用户只需要输入初始蛋白质的序列接受号或者序列,剩 下的事情就可以交给Taverna来完成。

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